琵琶湖の固有種。体長20〜40cm。体高が高いのが特徴。品種改良されたカワチブナ、ヘラブナとは異なる。植物プランクトンを専門に食する。 滝沢馬琴は「壬戌羇旅漫録（じんじゅつきりょまんろく）」に『近江の源五郎鮒は。一説に佐々木家一國の主たりし時錦織源五郎といふ人。漁獵のことを司る。湖水に漁りたる大鮒を。年々京都将軍に獻ず。その漁獵の頭人たるによりて魚の名によび來たれり。』 と記している。
また、『都にフナを売りに出て評判を呼んでいた堅田の漁師源五郎が、大納言の姫君に恋をした。身分が違いすぎ、思いを打ち明けられなくて悩んだ末、この大納言に立派な焼きフナを持って参上した。ところが姫に差し出されたフナの腹の中から、源五郎が書いた恋文が出てきて、これをきっかけにして、二人は結ばれたということだ。』という話も今に伝わっている。（「ふなずしの謎」（滋賀の食文化研究会編/サンライズ出版））。
ゲンゴロウブナも鮒ずしに加工されている。