意匠を凝らした瀟洒（しょうしゃ）な天守で、1607年の完成。国宝に指定されている。また、1992年（平成４年）、ユネスコ世界遺産の「暫定リスト」に登録されている。
北西に附櫓（つけやぐら）が、さらに長い多聞櫓が連なる。破風は変化の妙に富み、一層目は切妻破風は大きさと奥行きに変化をもたせ、二層目は南北を切妻破風、東西を入母屋破風とし南北に唐破風を設け、花頭窓と共に類い希な美しさを生み出している。
彦根城の天守は、長方形(梁行に対して桁行が長い)をしているのも特徴。東の面 や西の面は、そそり立ち端正であり、南、北の面 はどっしりと幅の広い安定した印象を与えている。