琵琶湖には、河川を遡上するアユと、遡上しないアユがいる。
河川を遡上するアユは、春先に幼魚が川を遡り、中〜上流の清流で石の上に生える藻類を食べ体長15〜30cmに成長する。野生のアユは藻類確保のため縄張りを持ち、侵入してくるアユと戦う習性を利用した「アユの友釣り」は人気。夏至を過ぎると産卵期に入り、秋に川を下って産卵し一生を終える。
河川を遡上せず琵琶湖沖で産卵期を迎える体長10cm未満のアユは「小アユ」と呼ばれる。河川を遡上するアユとは別種だと考えられてきたが、大正12年、動物学者「石川千代 松」博士（1860〜1935年が「大きく成長しないのは湖の環境によるもので、これを他の河川に放流すれば、同じように大きく成長する」ことを証明。小アユは琵琶湖の特別な鮎である。